医療法人設立のメリット

経営体質の強化

病院の経営と医師個人としての収支を明確に分離し、法人会計を採用することで適正な財務管理ができます。

社会保険診療報酬支払基金から支払われた診療報酬が源泉徴収されないため、資金を有効に利用できます。

個人経営の場合、理事長に万一のことがあった場合、診療所を廃止し相続人である医師が新たに開設しなければなりません。 これに対し医療法人の場合、継続して診療所を経営することが可能となり、スムーズな事業承継対策や相続対策等を計画的にすすめやすくなります。

医療基盤の拡大

個人経営では認められていない分院開設が可能になります。 さらに、医療法人化により、今後需要拡大が予想される有料老人ホーム・老人保健施設や訪問看護ステーションなど介護事業を運営することができるようになり、幅広い事業展開が可能となります。

節税効果

• 役員給与を受けることにより、給与所得控除の適用が受けられます。
• 親族を役員にすることにより、役員報酬を支払うことができます。
• 医療法人にすることにより退職金の支給が可能となります。
• 生命保険料の支払い額を法人の損金（経費）として処理できます。

医療法人設立のデメリット

付帯業務の制限

医療法人の医業に付随する業務（付帯業務）は、医療法人の主たる業務に支障がない範囲で運営が許可されていますが、その業務範囲は制限されています。 もちろん非営利性の観点から営利事業は行えません。

社会保険への加入義務

社会保険が強制適用となり、役員及び従業員は健康保険・厚生年金に加入しなくてはなりません。 その分、法定福利費の支出が増え負担が増加します。 なお、健康保険については、一定の手続きにより医師国保・歯科医師国保へ加入し続けることが可能です。 （個人病医院の場合、常勤の職員が５人未満であれば社会保険への加入義務はありません。）

事務手続の増加

医療法人は設立後に定期的な届出が必要になりますので事務手続きが増加します。 決算事業年度終了後に決算の届出、および、総資産の変更登記、並びに、変更登記にかかる届出が必要となります。 また、定款の記載事項に変更があった場合は、都道府県知事へ定款変更認可申請書を提出し許可を得る必要があります。

残余財産の分配禁止

医療法人が解散した場合、残余財産の帰属先は『国、地方公共団体、又は他の医療法人等』に制限され個人への分配は認められません。

交際費の損金算入制限

個人経営の場合、交際費は全額損金、つまり経費として認められていますが、医療法人では資本金の額に応じて制限があります。

利益金の配当禁止

医療法人は『非営利性』を求められるため、剰余金の配当が禁止されています。 したがって、利益が出た場合でも出資者に対して利益の配当はされず、剰余金は医療充実のための設備投資や退職慰労金の原資に充てるほか、全て積立金として留保しなければなりません。 また、配当ではないが、事実上利益の分配とみなされる行為も禁止されています。 医師個人は、原則として役員報酬を受け取ることになり、役員報酬以外の自由に処分できる資金がなくなります。

役員のうち、理事長については登記をしなければなりません。理事、監事の任期は２年を超えることはできない（医療法第４６条の５第９項）と定められており、理事の中の長である理事長も理事の任期の満了で退任することとなります。その際には、社員総会及び理事会の決議で再任するか他の方が理事長に就任するかして、その理事会決議の日から２週間以内に登記をしなければなりません。

医療法人の登記事項の一つに資産の総額という項目があります。これは、毎年の決算で作成した貸借対照表のうち純資産の部に計上された額を表しており、この額に変更があった場合には、その変更の登記をしなければならないというものです。基本的には毎年何らかの変動があるため、この登記は毎年出さなければならないという事になります。